De ser construida, la hidroeléctrica Las Cruces apresará al río San Pedro Mezquital, el único que aún fluye libre en la Sierra Madre Occidental mexicana. Al interrumpir el caudal, afectará la pesca, agricultura, ganadería y otras actividades de las que cerca de 12.000 familias dependen para subsistir.

El embalse inundaría el poblado de San Blasito y afectaría al pueblo de Saycota, así como a 14 sitios sagrados y un centro ceremonial, fuentes de cultura y vida espiritual de los pueblos indígenas de la zona. Restringiría además el agua y nutrientes que el río lleva a Marismas Nacionales, uno de los bosques de manglar más grandes de México.

En septiembre de 2014, el gobierno dio los permisos ambiental y de uso de agua para la operación y construcción de la hidroeléctrica, pese al impacto que el proyecto tendrá en Marismas Nacionales y a que la entidad estatal a cargo del proyecto no consultó ni obtuvo el consentimiento de las comunidades indígenas y ribereñas afectadas. Ignoró también las opiniones técnicas de autoridades nacionales y las recomendaciones de organismos internacionales sobre las amenazas que el proyecto representa para el ambiente y los derechos humanos.

AIDA trabaja de la mano con organizaciones locales para apoyar a las comunidades afectadas por el proyecto en su lucha para que sus derechos sean respetados.